胆囊缩小的病理性原因主要是胆囊炎，特别是胆囊结石反复引起的结石性胆囊炎，尤其是充满型结石，此时胆囊已经丧失了储存、浓缩、排泄胆汁的功能。胆囊萎缩不仅会反复引起胆囊炎的发作，还会造成胆囊癌的出现，而胆囊癌又是恶性程度非常高的消化系统肿瘤，一旦发生胆囊癌变，患者的生存期会受到显著的影响。
因此，在临床上出现胆囊缩小时，应当进一步行磁共振来明确是否是病理性胆囊萎缩。如果是病理性胆囊萎缩，这时应当考虑尽快手术治疗，首选腹腔镜下胆囊切除术。如果怀疑已经出现了癌变，术中应当做快速病理检查，以决定最终的手术方式。
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