新生儿坏死性小肠结肠炎的存活率，要结合病情的严重程度及新生儿的个体体质。一般坏死性小肠结肠炎，一期和二期的患儿长期预后比较好，经过内科的保守治疗，治愈者存活率可以达到80%左右。比较重的坏死性小肠结肠炎经过手术治疗，存活率大约有50%，其中存活的这些孩子中有25%的可能有胃肠道的长期后遗症，比如胃酸分泌过多、短肠综合征、肠管狭窄这一类的情况。还有些孩子可能会出现坏死性小肠结肠炎的复发，尤其是出现在初次发病之后一个月左右。所以一旦出现了新生儿坏死性小肠结肠炎，最早的、最积极的、最及时的治疗是最重要的，不要等孩子的病情特别重的时候才就医。
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