CT的特点为较简单、方便、扫描时间短、费用低廉，也可以看到鼻咽腔的占位情况，从而可以帮助初筛鼻咽癌。但如果想看到鼻咽癌累及范围，或进行鼻咽癌准确的临床分期，则需要核磁共振的帮助。因核磁共振有较好的组织分辨率，可以多维显示鼻咽腔的占位情况，在临床上更依赖于核磁共振确诊鼻咽癌，以及作为判断疾病范围和临床分期的重要依据。
对于颈部淋巴结转移较多、疾病分期较晚的患者，在临床上有时也会推荐患者做PET-CT或者PET核磁共振检查。PET为全身扫描，可以帮助发现小的淋巴结转移以及没有症状的全身器官转移。所以在PET帮助下可以给患者做出更准确的临床分期，更合理地安排患者的治疗。
