卵巢功能低下的原因很多，首先有遗传因素，包括染色体的异常，Turner综合征，先天的因素，比如先天性的卵巢发育不良或者是先天性的卵巢发育的缺陷，自身免疫性的疾病，包括卵巢产生的抗体等等，还有基因突变，卵巢的物理性损害，包括婴幼儿患上腮腺炎等等，也会出现感染，由于疾病引起来的卵巢切除等等。单侧的卵巢切除，也会引起卵巢功能的低下。卵巢的供血障碍，也会导致卵巢的功能低下。
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