牙齿的根部发黑可能有以下原因：
一、里面有龈下牙石，在牙颈部和牙龈之间有个生理的牙龈沟，如果进食以后没有好好刷牙，会有一些食物残渣残留在牙龈沟内，也会附着菌斑，形成软垢，如果牙菌斑和软垢发生钙化，就会形成牙石，龈下的牙石是灰黑色的，如果病人牙龈是薄龈型的，灰黑色牙石就会透出里面的颜色，病人可以发现牙齿的根部发黑。
二、牙颈部发生了龋坏，如果在牙颈部发生了龋坏，尤其是在牙龈的下方，里面的牙齿组织已经腐败坏死发黑，也会通过牙龈透出来，被病人发现。
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