胃肠道间质瘤预后相对于胃癌较好。但要根据肿瘤大小、核分裂象情况进行判断。根据肿瘤大小与核分裂象，可以将胃肠道间质瘤手术以后的复发风险分成四个等级，包括极低危、低危、中危、高危。
中危与高危患者在手术后易出现复发转移，这部分患者要进行靶向辅助性治疗，对于一些低危或极低危胃肠道间质瘤患者，手术以后的预后较好。极低危患者手术以后转移风险为0%，所以这部分患者可能复查也无需跟进。
如果是一些低危患者还会存在一些复发转移的可能性，这部分患者建议进行定期复查。中危与高危患者，手术以后出现复发转移几率较高，这部分患者预后相对差一些，患者除靶向综合性治疗外，这部分患者需进行胃镜、腹部CT等定期复查，早期发现，早期治疗。
