肝内胆管结石有可能会癌变，因为肝内胆管结石属于肝内胆管癌的高危因素，但是具体也取决于遗传因素以及致癌因素的严重性，有遗传因素往往癌变概率会有所增加。如果致癌因素比较强，比如肝内胆管结石反复引起炎症发作，刺激胆囊壁导致胆囊壁异常增生、增厚，会加大癌变概率。
此外，包括引起肝内脓肿或者反复肝内胆管结石刺激，会引起肝脏局部萎缩，而萎缩性的肝脏是癌变的重要基础。针对肝内胆管结石如果没有任何症状，结石数量也比较少，可以先观察。如果反复引起症状，包括发热、畏冷、寒战等胆道感染症状，或者引起肝脏萎缩，都需要及早进行手术治疗，特别是针对局部萎缩肝脏进行切除，能够有效预防后期出现其他异常病变的可能性。
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