肺脓肿治疗的疗程常在4周以上，通常是6-8周，具体时长有个体差异，通过有效的治疗，也就是有效、规范的治疗，使肺脓肿的病变消失，而不要形成慢性肺脓肿，所以抗生素的应用，要达到脓腔消失或者仅遗留少量的纤维化才能停止。
若肺脓肿不得到有效的治疗，炎症不会明显消退，可形成慢性肺脓肿，肺脓肿的病程会迁延，迁延达3个月，可形成慢性肺脓肿。慢性肺脓肿的治疗，仅通过使用抗生素并不能完全解决，必要时需要胸外科介入，手术切除肺脓肿的病灶。
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