儿童心肌缺血发生的原因主要常见有这几个方面，由于先天性心脏疾病导致的心肌缺血，其中比较常见的例如先天性的动脉导管未闭、室间隔缺损或者是先天性的大血管发育畸形，这些都可以导致心肌的供血发生功能障碍，从而导致心肌缺血的现象。
此外还有一部分是后天性疾病导致的心肌缺血，病毒感染，例如上呼吸道感染、病毒性的胃肠炎，导致心肌受损或者是病毒的毒素，直接作用于心肌表面，引起心肌的损伤从而导致心肌缺血。此外，还有一些少见的病例也可以引起心肌缺血，例如皮肤黏膜淋巴结综合征，又叫川崎病，或者是冠状动脉、大动脉的炎症也可以影响心脏的供血，导致出现心肌缺血的症状。
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