脑干炎症的治疗方法有病因治疗和对症治疗，脑干炎症多数是由病毒感染引起，早期诊断和治疗可以增加预后的好转率。脑干炎症的治疗首选抗病毒药物治疗，阿昔洛韦是首选治疗药物，阿昔洛韦可透过血脑屏障。脑脊液中的药物浓度为血浓度的50%，如果病情较重，可延长治疗时间，或者再重复治疗一个疗程，也可给予更昔洛韦治疗。除抗病毒药物以外，还可应用肾上腺皮质激素治疗，肾上腺皮质激素可抑制神经炎性反应，从而使病情得到好转。除此以外，可给予一定的对症支持治疗，如有高热的患者需给予降温治疗，有抽搐症状的患者给予抗癫痫治疗，颅内压增高者给予脱水降颅压治疗。
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