盐酸半胱氨酸是生物体内一种氨基酸，应用十分广泛。在医药方面半胱氨酸主要用于肝脏药、解毒药、祛痰药，半胱氨酸及其衍生物可用于肝脏中毒解毒、解热镇痛、溃疡治疗、疲劳恢复，治疗气管炎祛痰和化痰作用。在化妆品方面用于生产烫发精、防晒霜、香水、养发精等，这种以半胱氨酸取代硫基乙酸的高级烫发精、冷烫精，具有烫发容易、发型易保持、柔而不乱等优点，还可以用来配制防晒霜和生发香水。在食品方面，用于面包发酵促进剂、保鲜剂，半胱氨酸也可以用做发酵助剂，奶粉及果汁用抗氧化剂和稳定剂，以及宠物食品的营养添加剂等。
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