胆管核磁共振相比于其他的影像学检查方式，由于能够进行胰胆管水成像，因此具有很明显的优势，特别是对于明确结石或者肿瘤的数目、大小、位置、范围等。如果只是单纯的胆管平扫磁共振，价格大概在500元左右；如果同时行胆管平扫和胰胆管水成像，花费大概在1000元左右。而对于胆管肿瘤性病变，有时单纯地平扫或者胰胆管水成像并不能很好地评估病情，还需要进一步行增强磁共振检查，花费会达到1000-1200元左右。
不同地区、不同级别的医院，磁共振的检查收费也存在着一定的差异，还需要根据当地物价部门制定的标准而定。不过由于磁共振价格相对较为昂贵，在临床上并不是首选的检查方式，一般采用彩超进行初步检查，如果发现胆管扩张等异常情况，可以考虑进一步行核磁共振检查及ERCP检查。
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