眉头痛和头疼的原因有原发性、继发性等因素，原发性的原因包括偏头痛、紧张性头痛、三叉自主神经性头痛等。
继发性头痛的原因有头或颈部外伤所致的头痛、头或颈部血管疾病所致的头痛，还有非血管性颅内疾病也可导致眉头部和头部的疼痛，还有患者由于药物戒断可引起头痛。中枢神经系统感染，如脑炎、脑膜炎等也可引起头痛症状。头部、颈部、口腔、眼部疾病也可导致眉头痛和头痛的症状，精神疾病患者也可引起头痛和眉头痛症状。
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