耐药菌株感染是指耐药菌株引起的各种感染性疾病，耐药菌株是指在长期的抗生素选择之后，出现的对先用抗生素产生耐受能力的菌株。细菌的耐药性是指细菌多次与药物接触后，对药物的敏感性减小，甚至消失，致使药物对耐药菌的疗效降低，甚至无效。
耐药菌株的出现增加了感染性疾病治愈的难度，随着抗生素的广泛使用，耐药菌株已成为引起临床感染较为常见的病原菌，特别是医院内耐药菌株的感染，使病死率大幅增加，其治疗已成为临床上的难题。临床常见的耐药菌株有，耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、抗万古霉素肠球菌、超广谱β-内酰胺酶、肠杆菌科细菌、抗碳青霉烯类肠杆菌、多重耐药的铜绿假单胞菌、多重耐药的鲍曼不动杆菌等。
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