甲基丙二酸血症的病因比较复杂，甲基丙二酸血症是一种常染色体隐性遗传性疾病，主要包括甲基丙二酰辅酶A变位酶酶蛋白缺陷，以及其辅酶钴胺素代谢缺陷导致。除此以外，临床上还有一部分可能是转钴胺素Ⅱ缺陷，或者慢性胃肠道、肝胆疾病，或者长期素食、特殊的药物治疗导致维生素B12缺乏，从而引起患者出现甲基丙二酸血症。
如果妈妈长时间维生素B12摄入不足，导致胎儿出现维生素B12缺乏，这种情况下不仅可以导致妈妈出现恶性的贫血，还会导致婴儿出现继发性的甲基丙二酸血症。甲基丙二酸血症的临床表现，一般常见有婴儿在生后一周之内，出现拒乳、呕吐、脱水、昏迷、惊厥、酸中毒、酮症、低血糖等，早期的死亡率极高，预后不良。
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