经皮肾镜手术是目前用来治疗肾结石的主要的微创治疗方式，手术的并发症也是比较多的。手术后的近期并发症主要是术后感染、术后出血、结石残留等，远期并发症有肾脏萎缩或者是部分萎缩。而手术中的并发症则主要是术中出血，术中损伤周围组织器官，比如胸膜、肠道、术中操作通道迷失而导致手术失败等。经皮肾镜取石手术治疗的并发症还是比较多，而且后果也是比较严重的。如果术中出血多，无法控制甚至需要切除肾脏以达到止血的目的。术后感染也是一个比较严重的并发症，容易引起尿脓毒血症，严重的会危及生命。
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