消化内科包括的疾病有很多，例如非常常见的胃炎，包括急性胃炎、慢性胃炎，还有消化性溃疡，包括胃溃疡和十二指肠溃疡、胃癌。肠道问题，比如肠结核、结核性腹膜炎，以及炎症性肠病，包括溃疡性的结肠炎、克罗恩病、大肠癌。
还有一些功能性的胃肠病，比如功能性消化不良、肠易激综合征，以及慢性的腹泻等疾病。肝脏疾病，比如慢性肝炎，包括乙型病毒性肝炎、丙型病毒性肝炎，还有肝硬化、酒精肝、原发性肝癌、胰腺癌、胰腺炎、消化道出血等疾病。
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