胶囊内镜检查的主要危害是在做检查的过程中，胶囊内镜有可能会嵌顿在消化道的某一部位，不能排出体外。导致这一后果最常见的原因是消化道有炎症或者溃疡，梗阻或者消化道出血的患者，消化道形成龛，胶囊内镜嵌顿进去，不能出来。
另一个常见的原因是消化道先天畸形，导致消化道狭窄处太多，胶囊内镜有可能在某一处导致嵌顿。还有消化道慢性炎症、消化道肿瘤、消化道外的肿瘤对消化道的压迫等等都可以造成消化道腔的狭窄，进而导致胶囊内镜嵌顿。胶囊内镜进入人体后，排出一般需要2-3天，需要密切观察。
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