迄今为止强直性脊柱炎的病因尚未完全明确，但病因可能与遗传、慢性感染、自身免疫功能紊乱和内分泌失调有关，尤其是与遗传因素和自身免疫功能紊乱的关系更为密切。强直性脊柱炎具有高度的家族遗传倾向，发病与遗传因素有关，主要体现在与HLA-B27高度相关。关于病因中的感染因素，部分强直性脊柱炎的患者有肠道，或泌尿生殖系统细菌感染的病史，肺炎克雷伯杆菌、沙门菌和志贺菌可能与强直性脊柱炎的发病有关。自身免疫因素方面，强直性脊柱炎的患者可能同时有细胞免疫功能和体液免疫功能的异常。在活动期免疫球蛋白IgG和IgM，尤其是IgA的水平经常增高，与内分泌的关系体现在强直性脊柱炎的发病，男性较女性明显增多。
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