射精时疼痛最常见于慢性前列腺炎，病人发生慢性前列腺炎时，由于感染性致病菌刺激前列腺部尿道黏膜，会出现后尿道黏膜水肿、糜烂，还会出现前列腺腺体炎性肿大。
由于感染性致病菌还会引起精液感染，大量致病微生物在精液内繁殖时，在射精时会通过精液排到后尿道，病人会出现黏膜疼痛症状。病人出现射精时疼痛症状时，需及时到男科或泌尿外科就医。通过精液细菌培养，通过精液支原体、衣原体培养，常常能找到致病微生物，通过选择有效的抗生素，如磷霉素氨丁三醇散，配合热淋清颗粒联合治疗，多数病人射精时疼痛症状会明显好转。
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