滴虫性阴道炎的治疗主要选择硝基咪唑类药物，但是具体的用药要在医生的指导下进行使用。滴虫性阴道炎可同时存在尿道、尿道旁腺、前庭大腺多部位的滴虫感染，所以要治愈滴虫阴道炎的话需要全身的用药，并且要避免阴道冲洗。
需要强调的是滴虫性阴道炎，主要是由性行为传播的，所以性伴侣应该同时进行治疗，并且要告诉患者以及性伴侣，在治愈前应避免无保护性行为。滴虫性阴道炎治疗之后也是要定期的进行随访，因为滴虫性阴道炎患者再感染率是很高的，最初感染三个月内需要追踪复查。
