脑干手术主要应用于清除脑干血肿和切除脑干肿瘤。脑干的手术方式主要是由脑干的病变部位所决定的，遵循着就近的原则，即选择距离脑干病变最近的手术路径。脑干由上至下分为中脑、脑桥和延髓，当病变位于最上部的中脑时，可选择颞下岩前入路；当病变位于中部脑桥时，可选择耳后乙状窦后入路；当病变位于最下端的延髓时，可采取后正中入路。术中可借助于神经导航和磁共振的锥体束成像来精确定位脑干病变的位置以及了解神经纤维的走形，最大程度的减少脑干的损伤。
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