临床上扁桃体发炎要区分是细菌还是病毒感染造成的，一般通过临床症状鉴别是比较难的，因为无论细菌还是病毒感染，症状都是很相近的。一般都会表现为咽喉部的痒、痛、吞咽痛或者出现咳嗽等等一系列症状，所以临床上对于细菌和病毒的鉴别，主要根据患者的体征和炎症反应指标。细菌感染的证据一般就是咽喉部可以检查化脓性感染的证据，比如出现脓性分泌物、小脓点，检查炎症指标比如血常规、C反应蛋白、降钙素原。这些指标如果白细胞分数、中性粒分数、C反应蛋白明显增高，这就倾向于是细菌感染的可能性，就可以应用消炎药进行治疗。否则相反或者咽喉部没有化脓性感染，就要倾向于病毒感染，积极的用对症药物处理就可以。
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