胚胎生长发育依赖于女性的内分泌协调，如果女性的内分泌失调，会导致流产，尤其母体缺乏雌激素、孕激素、人绒毛膜促性腺激素三大激素时，容易造成胚胎停育和流产，导致内分泌不足的最常见原因就是黄体功能不良。另外就是女性的免疫因素，母体与胎儿的免疫不适，就会导致母体对胎儿的排斥，从而引起胚胎停育。女性患有子宫疾病，比如子宫内膜太厚、先天性子宫畸形、宫腔粘连、子宫肌瘤，也会引起胚胎停育。然后就是染色体的问题，如果父母的染色体异常，也会导致胚胎停育和早期流产。
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