巴曲酶的副作用，其中最大的一点就是对于血液学的影响。因为巴曲酶本身就是对血液产生非常重要的影响机制。因此最常见的就是，比如打针的针眼出血，还有的时候刷牙的时候出血以及小便、大便的时候也可能会出现鲜红色的血便或者血尿。再就是心血管系统的疾病，偶尔可能会诱发心绞痛的发生。中枢神经系统可以出现头晕和头痛的表现，但是一定要与之前最先开始的疾病相互进行鉴别。再有消化系统的改变，比如恶心、腹泻。有的时候消化道出血就会表现出黑便。还有一些其它的情况，最常见的还是以过敏为主，比如出现皮疹或者是荨麻疹，只要停药一般都是可逆的。任何一种药物，尤其是对于止血类药物不要应用超过7天以上，很危险。
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