厌氧菌的感染实际上是一大类疾病，它包含了各种各样的厌氧菌引起的人体组织和器官的损伤。这些厌氧菌可以是内源性的，也可以是外源性的。内源性的厌氧菌感染可以表现为多个部位病变，它可以累及中枢神经系统导致脑脓肿、脑膜炎，也可以累及呼吸系统，表现为肺炎、脓胸，也可以累及腹部脏器表现为肝脓肿、胆囊炎、胆管炎、腹膜炎，也可以累及女性的生殖道和盆腔，也可以累及尿路，出现尿道炎、膀胱炎，也可以累及骨头和关节，导致骨髓炎、关节炎。另外，还可以导致血流感染和心内膜炎，以及皮肤和软组织的感染，外源性的厌氧菌感染最为常见的是破伤风和肉毒中毒。
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