眼睛结石不需要用任何眼药水，但是眼睛结石与炎症有一定关系，如果眼睛有急性感染症状，如细菌或者病毒感染发生炎症，导致睑板腺阻塞，则可能引起眼睛结石形成。此时可以用抗生素眼药水，如左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液，控制炎症并减少结膜结石形成。
如果炎症控制良好以后，结膜结石仍然存在，因结石并不会由于抗炎而消退，但是结膜结石可以自行排出。当眼睛突然感觉磨痛，有可能出现结石刺激眼泪流出，眼泪也会冲刷结石。有时结石有一半露出来，一半在眼睛内，此时比较难受，眼睛可出现磨痛、刺痛甚至可能损伤角膜上皮，出现黑眼球怕光、流泪甚至视力下降或结膜血管被划伤，导致结膜下出血。出现此类现象，一定要及时到眼科就诊，由医生将结石取出。同时检查角膜是否有损伤，如果有损伤也需要用促进角膜上皮愈合的药物，如玻璃酸钠、表皮生长因子等。
