感染性心内膜炎的主要症状包括发热，95%以上的患者可出现发热，甚至超过38.5℃，心脏听诊时可以有杂音，皮肤黏膜出现瘀点、Roth斑、甲下线状出血，还可出现脾脏增大，约30%的患者出现脾脏肿大与病程有关。慢性病程比较多见，贫血多为轻度，部分出现中度贫血，部分心内膜炎患者可出现心力衰竭，是导致心内膜炎死亡的主要原因，也可出现心肌脓肿、心包炎、动脉栓塞，导致四肢血管缺血坏死，该病可引起感染灶转移，同时也可引起神经系统受累，例如脑栓塞、脑膜炎、脑出血、脑脓肿、癫痫发作，若合并血栓还可导致肾动脉栓塞，出现肾炎、肾脓肿的情况。
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