大便不成形的原因可以分为器质性的原因和功能性的原因，器质性的原因包括有很多种，如肠道炎症性的病变，即急性胃肠炎、溃疡性结肠炎、缺血性肠炎等等，都可以造成大便不成形。此外，一些肿瘤性的病变，如结肠癌等等，也可以造成大便不成形。如果做了结肠镜，已经除外了器质性的病因，需要考虑功能性的原因，最常见的是消化不良以及肠道菌群失调，所造成的大便不成形。这一类的病人往往在大便化验的结果中，没有太明显的异常发现。在治疗上建议给予帮助消化的消化酶，以及调节肠道菌群的益生菌，来帮助消化吸收。
