在绝大多数情况下，核磁共振可以用于检查腰部疼痛。产生腰部疼痛的疾病非常多，一共有七、八十种，即使是较为常见的导致腰部疼痛的疾病也有二、三十种。较为常见的是脊柱病变，比如腰椎间盘突出症、腰椎管狭窄、腰椎滑脱、腰椎骨折、腰椎肿瘤等疾病，上述疾病都能通过核磁共振检查而明确发现。即使是相对较为少见的疾病，比如腰椎结核、腰椎感染也可以通过核磁共振来发现，有腰肌劳损时做核磁共振检查也能区别。只有非常少的疾病，比如泌尿系结石不能常规使用核磁共振检查来发现。
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