甲胎蛋白是筛查早期肝癌的肿瘤标志物，如果患有肝癌的患者会出现甲胎蛋白的明显升高以及肝脏占位性病变，这时需要进一步进行CT或者磁共振的检查，明确是否有肝癌的存在。
但甲胎蛋白检测指标的敏感性和特异性都不高，有很多其他疾病也会导致甲胎蛋白升高，例如肝功能损伤也会导致肝细胞的修复分泌甲胎蛋白，而部分肝硬化的患者也会有低浓度的甲胎蛋白升高，转移性的肿瘤，例如胃癌或者是卵巢癌以及生殖细胞肿瘤，也会导致甲胎蛋白的升高。因此发现甲胎蛋白升高，需要明确病因，对因治疗。
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