胚胎发育不好大部分会出现自然流产，一小部分胚胎存活下来，出现畸形胎儿。胚胎发育不好的原因主要是胚胎自身的异常，如出现染色体异常。还有一部分原因来自母体因素，如母体有内分泌异常，甲状腺功能低下或亢进，有高泌乳素血症时会出现胚胎发育不良。母体有凝血功能障碍，或者有血栓前状态时也会导致胚胎发育不良。母体的子宫有畸形，如双角子宫、单角子宫或者有子宫纵隔时，也可能导致胚胎发育不好，出现自然流产。
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