肠炎的确诊一方面要结合病人的病史，是否有腹痛、腹泻、脓血黏液便、体重减轻、发热等其他的伴发症状，还要进行相应的生化指标检查，比如病人有没有贫血、炎症指标的增高、结核的化验指标阳性，还有过敏原的阳性和自身免疫抗体的改变。
最重要的就是要进行肠镜检测，肠镜可以直观判断结肠是否有炎症，炎症的性质是溃疡性结肠炎还是缺血性肠炎，或者其他的一些炎症，要进行一些影像学检测，比如进行腹部CT等等。综合影像学、生化指标、肠镜还有病史，才能够对肠炎进行全面的诊断。
