脊索瘤在临床上治疗相对比较困难，就是治不好。该疾病预后比较差，如果患者不进行治疗，诊断后期寿命大约在半年到2年之间。在临床上不管采用哪种治疗方案，脊索瘤局部复发率仍然较高，预后欠佳，就算采用目前主张的手术联合放射治疗，5年复发率仍最高，可以达到70%。如果不能完全切除加放射治疗，复发率更高，有报道显示甚至可以达到100%，并且复发常常在术后2-3年内，是导致患者术后死亡的重要原因。
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