如果感染的病原主要引起呼吸道的病变，可以通过鼻咽部的分泌物进行检测核酸，尤其在感染的初期，鼻咽部病毒的量或者其他病原的量相对来说会多一些，可以做咽拭子的检测，也可以做鼻拭子的检测，这两个方法鼻拭子相对来说阳性率会高一些，所以尽可能选择鼻拭子的检测。
如果患者有咳痰，也可以做痰液的核酸检测。如果患者已经住院检查，如果进行了纤维支气管镜的检查，也可以做肺泡灌洗液的检测，尤其在病程的后期下呼吸道病毒感染的量会逐渐增多，通过肺泡灌洗液会提高核酸的阳性，如果患者有病毒血症，有明显的高热，有全身的中毒症状，也可以做血液的核酸检测。
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