手足口病是一个疾病，病原体并不是细菌，而是病毒。导致手足口病的病毒并不仅仅只有一种，很多种类型的病毒都有可能导致手足口病的症状。最常见的导致重症手足口病的病原体，叫做肠道病毒71型。目前所研制出来的针对手足口病的疫苗，也是针对这一个病毒感染的。其他的病毒也有可能导致手足口病，比如柯萨奇病毒A组16型，这是更加常见的一种导致手足口病的病原体，柯萨奇病毒A组16型一般不会导致特别重症的手足口病发生。其他的柯萨奇病毒A组和B组病毒以及埃可病毒等，也有可能造成手足口病。这些病原体除了造成手足口病的症状之外，也有可能造成疱疹性咽峡炎或者其他的临床感染，甚至绝大部分被病毒感染的孩子并不出现临床症状，属于隐匿性感染。
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