口疮多数是由于维生素和微量元素缺乏所引起，最常见的是缺少维生素B2、维生素B6、维生素B12、维生素C和维生素E，以及微量元素中的铁、锌、硒等，都会引起口疮的反复发作。口疮还可能是由于口内有尖锐的牙根、残根、残冠或者是有不良修复体，这些能经常擦伤或者刮伤口内黏膜，造成创伤性的溃疡导致口疮反复发作。
口疮还可能是由于饮食习惯不正确引起，比如喜欢吃辛辣刺激性的食物、温度过高的食物或者质地特别坚硬的食物，例如火锅和麻辣烫这类的食物，这些食物能直接刺激口内黏膜导致口疮，也可能是由于口腔卫生环境不良，口内致病细菌过多引起的。
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