肝糖原主要是储存在肝脏中，而肌糖原是储存在肌肉组织中。肝糖原的主要作用是为了维持血糖水平的衡定，如血糖过高时，会转换成相应的糖原并储存于肝脏；当血糖处于较低水平时，糖原又会在肝脏中分解成糖分，并进一步进入血液中补充相应的血糖。而肌糖原主要是存在肌肉组织中，并且当身体运动的时候提供相应的能量，如果出现了消耗、衰竭，通过相应的糖原进行补充。而肝糖原主要是由许多葡萄糖分子聚合而成的物质，肌糖原提供组织能量的方式是通过酵解作用分解成乳酸，人体主要的储存部位就是在肝脏和肌肉中。合成的原料也有所不同，肝糖原主要是由单糖或者非常物质合成，而肌糖原主要是由葡萄糖所合成。
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