新生儿出生时多无症状，常在1-6个月间有慢性抗炎血症及转氨酶的轻度增高，在6-12个月时检出乙肝的抗体。黄疸可以表现为新生儿早期生理性的黄疸持续不退或者加剧，或新生儿晚期黄疸退而腹泻，有轻度的呕吐、厌食、食欲减低等，出生后可有正常颜色的大便，以后转为淡黄色、灰白色或陶土色，肝脏长大边缘稍钝，脾脏增大不明显。
也有少数患儿一开始就表现严重的症状，可有发烧、严重黄疸，大便呈陶土色，肝脏明显长大，可至肋下5-7cm，质地坚硬，脾脏也可长大，达肋下6-7cm，腹部静脉曲张，腹水征阳性，会阴部及下肢水肿，迅速发展至肝性脑病，出现消化道出血、颅内出血、脓毒血症等严重并发症而死亡。死亡发生快，预后较差，很多感染的婴儿成为慢性的携带者，是日后发生肝硬化和肝癌的潜在危险。随着新生儿乙肝疫苗的普遍接种，中国儿童无症状的HBV携带率已明显的下降。
