幽门螺杆菌可以使用呼气检查、抽血检查、粪便检查、胃镜检查等方法确诊。在幽门螺旋杆菌的检查中，呼气检查是最为常见的一种检查方法，检查方法相对比较简单，只需要口服碳素胶囊，然后将患者呼出的气体收集，根据呼出气体中的碳元素的含量进行判断，呼气检查主要包括碳13、碳14。
当胃内感染了幽门螺旋杆菌之后，血液、粪便中都会有代谢产物，因此进行抽血检查和大便常规检查也能够帮助诊断幽门螺旋杆菌，但是检查结果有一定误差。在进行胃镜检查时发现有严重溃疡面，可以在溃疡面上提取活体组织，然后进行尿素酶检测，也能够诊断是否患有幽门螺旋杆菌。
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