婴儿尿道感染与小婴儿时期的特殊情况有关系，小婴儿大小便不能自理，要用尿布或者尿不湿，这些用品的清洁问题是一个方面。在这种情况下，尿道口特别容易遭受粪便污染，尤其是女婴尿道短，更容易引起汚物上行感染尿道。小婴儿机体抗病能力差，如果局部的皮肤组织化脓，常容易引起血行扩散，可以累及泌尿系统，从而导致下行性的感染。先天性泌尿系统的畸形会使尿道闭塞，尿液排出受阻，比如输尿管连接处的狭窄、后尿道瓣膜、多囊肾等，因为排尿不畅而致上行性的感染。输尿管尿液反流是婴幼儿期比较常见的，婴幼儿膀胱壁内走行的输尿管比较短，膀胱内尿液充盈及排尿的时候，不能被充盈的膀胱压紧、关闭，导致尿液反流，细菌也随着反流，造成了上行感染。
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