牙根囊肿根据来源可以分为根尖肉芽肿，或者是颌骨囊肿。根尖肉芽肿是根尖周炎的进一步表现，其也有可能是由于颌骨上皮来源所引起的根尖囊肿。正常的牙根囊肿是因为根尖周炎在颌骨内扩散，所导致根尖周围的骨质吸收，并形成肉芽囊性组织。这种情况可以考虑先行根管治疗，如果牙根囊肿体积较小在3mm以内的话，通常情况下有自行吸收的可能，如果没有疼痛等特殊症状，通常可以采取保守观察的方式；而如果囊肿大于3mm，或者是由于颌骨来源的囊肿，则通常需要考虑手术治疗。
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