龟头内隐隐作痛建议到医院进一步检查来明确可能的原因：
1、龟头炎，可以造成龟头内部隐隐作痛，同时也可伴有龟头略微肿胀或者龟头皮肤红肿等改变。急性感染期可以出现局部糜烂，但是慢性感染期可以表现为隐隐作痛等症状，一般不伴有排尿异常，有时表现为触碰龟头出现疼痛等。
2、如果有前尿道结石，可以刺激引起龟头内部隐隐作痛，外观上龟头没有任何红肿等表现，但会伴有排尿异常，比如排尿费力、排尿分叉或者尿道内隐隐刺痛向龟头区放射等。
3、性传播的疾病，比如非淋球菌性尿道炎或者淋病等都可以导致龟头内隐隐作痛，常发生于不洁的性接触以后，同时还可能伴有尿道内分泌少许的分泌物或者尿道内灼热、瘙痒等症状。
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