经颅多普勒主要用于以下疾病的诊断，颅外血管狭窄或闭塞、颅内血管狭窄或闭塞、动静脉畸形和动静脉瘘供血动脉的判断、脑血管痉挛、脑动脉血流中微酸子的监测、颅内压增高和脑死亡的判断。其中颅外血管和颅内血管狭窄、闭塞，可帮助判断脑卒中的危险因素，脑血管痉挛是蛛网膜下腔出血最常见的并发症，经颅多普勒检查可代替脑血管造影，通过血流速度变化、动脉参数变化以及血流杂音等，检测是否存在脑血管痉挛，脑动脉血流中微酸子的监测用于脑血管病的临床判断。
