胚胎停育的原因最常见的是胎儿染色体的异常，比较常见的染色体异常有21三体、18三体、13三体以及性染色体的异常，染色体异常是造成胚胎停育的主要原因。次要的的原因还有病毒感染，比如TORCH感染，包括弓形虫、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、风疹病毒的感染等等，也会造成胚胎停育。另外，外界的一些不良的影响因素，比如抽烟、喝酒、电离辐射等等的外界的原因，也会造成胚胎停止发育。对于胚胎停育，尤其是有复发性的自然流产和胚胎停育的病史的孕妇，建议做胚胎染色体的检查，来判断胚胎停育的具体原因。
