双侧海马萎缩要根据引起海马萎缩的病因进行治疗，如果是感染因素造成的双侧海马萎缩，要积极的治疗感染性疾病，包括病毒性脑炎，要抗病毒治疗、激素的治疗、营养神经等，尽快的治愈感染性疾病，可以改善双侧海马萎缩。
还有一部分是因为发热所引起，要增强免疫力，避免发生发热的症状等，改善双侧海马萎缩。有一部分患者是因为癫痫发作引起的双侧海马萎缩，这主要是要治疗癫痫发作，控制好癫痫发作，给予营养和改善大脑功能的药物，可以改善双侧海马萎缩的症状。
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