灌肠与输液是通过不同的途径将药物输入孩子的体内，灌肠是采取直肠静脉吸收的方式发挥药物的作用，输液是药物直到直接进入到血液循环当中，两种方式都可以。其中不同的缺点是：灌肠是通过直肠静脉吸收，对个别小儿会引起胃肠道的刺激会引起腹泻或者便秘等症状。输液通常会走肝肾循环，对小儿药物的吸收以及肝肾功能的损伤相对要多。所以，在选取哪种方式治疗的时候，要根据孩子实际的情况以及疾病的方式采取方法。
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