引起毛囊炎的微生物，有革兰氏阳性球菌、痤疮棒状杆菌，以及糠秕孢子菌。在毛囊炎比较轻的时候，仅仅外用抗生素的药膏就可以，但是如果相对重一点，可以考虑口服阿奇霉素、头孢类抗生素。针对革兰氏阳性球菌，也可以服用米诺环素，是一种广谱的，而对痤疮棒状杆菌更有效的抗生素。
如果判断毛囊炎可能是糠秕孢子菌引起的，可以口服像伊曲康唑的抗真菌药物。如果毛囊炎非常的严重，可以形成脓肿样改变，这样的毛囊炎可能就需要吃维甲酸类药物才能够控制。
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