肾脏结石可引起肾萎缩，发生萎缩并不是因为血管源性的萎缩，而是因为肾脏结石导致肾积水，导致肾盂内的压力升高，长期处在高压的状态，肾脏的实质会受到压迫，逐渐出现压迫变形的状况，肾实质越来越薄会出现萎缩的现象。这时结石都处在梗阻的位置，比如肾盂输尿管的连接部位，或者梗阻于肾盏的盏颈之内。肾脏产生的尿液不会顺利的排出，会蓄积在肾脏之内，久而久之，蓄积的量越来越大，肾盂内的压力越来越高，对肾实质的压迫力量越来越强，肾脏会出现缓慢的萎缩现象。甚至部分患者可以将肾脏压迫成一张纸的厚度，造成完全萎缩，没有一点肾功能等。对于肾脏结石的疾病，需要定期复查，直至结石完全排出以后，才能停止复复查。
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