病原体感染机体后，先要结合患者的症状，给予一系列的检查，明确是哪一种病原体，然后再针对病原体给予有效的治疗，如可给予血常规检查，通过白细胞的增高和降低，来初步判断病人可能是细菌感染还是病毒感染，通过嗜酸性粒细胞的增多来推断病人可能存在寄生虫感染。
通过对病人的血、尿、便、痰、骨髓培养可明确病人是哪一种细菌感染。一旦感染的病原体的成分明确，就可以针对性地选择抗感染药物，如细菌感染，可选择青霉素、头孢类抗生素，病毒感染可选择更昔洛韦、奥司他韦等药物，支原体感染可选择罗红霉素、阿奇霉素等药物治疗。
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